济宁市农业科学研究院前身为济宁市农业科学研究所，始建于 1958 年， 2002 年 8 月更名为济宁市农业科学研究院，并成为山东省农科院济宁分院，是山东省规模较大的市（地）属综合农业科研单位。现有在职职工204人，专业技术人员 157人，其中农业推广研究员12人，高级农艺师 39人，农艺师50人。全院设有小麦、玉米、蔬菜、畜牧、经作、生态农业、生物工程、林果花卉、情报信息、农田灌溉等十三个专业研究（开发）所（中心）及六个行政管理处（室）。现有实验场 36.02 万平方米，日光温室 8000 余平方米。2002年建成了国家农作物品种区域试验站，2006年建立了“山东省大豆育种工程技术研究中心”，2007年、2008年分别被批准设立了“国家现代农业技术体系玉米、大豆、甘薯三个综合试验站”，2008年建成了“济宁市产学研合作工作站”，2009年被批准为“山东省现代农业技术培训基地”，2009年建成了“济宁市**服务工作站”，2010年4月建成了“国家大豆改良中心济宁试验站”。2010年被确定为山东省现代农业技术体系创新团队蔬菜病虫害防控岗位**岗位，2010年、2011年被确定为山东省现代农业技术体系创新团队小麦、花生、棉花、羊四个综合试验站，2013年被确定为省现代农业产业技术体系薯类、食用菌、牛综合试验站。迄今为止，共取得科研成果 246项，获得国家、省、市奖励的174项次。获得专利 25项，主编或参编出版专业科技书藉 25 部，撰写学术论文和科普文章360 多篇。选育出小麦、大豆、玉米、甘薯、辣椒等农作物新品种51个，取得社会经济效益 200多亿元。承担的济宁市科技兴农十大工程之一的“济宁市甘薯脱毒快繁工程”， 1998 年被授予“全省两薯脱毒技术推广先进单位”。育成的“济宁 12 号”、“ 济宁 13 号 ”小麦新品种和“ 超高产夏大豆新种质JN96-2343的创新研究”，分别被评为济宁市 2001 年和 2002 年十大科技成果奖；1998－2000年连续三年被评为全市“蹲点包村先进单位”； 2001 年被市委、市政府授予“济宁市科技进步年活动先进集体”；2004年度获得全市“科技、文化、卫生三下乡先进集体”；2005年度获得“全市职业教育先进集体”；2006年被评为全国“十五”期间“区试工作先进单位”， 2008年被评为济宁市“灰飞虱防控先进集体”，2009年获得“全市科技管理工作先进集体“。2009年荣获中国技术市场协会颁发的集体“金桥奖”；“国家玉米产业技术体系济宁综合试验站”2008年、2009年连续二年年度考核被评为“优秀试验站”；2010年荣获“柳絮杯”全国甘薯高产竞赛亚军；2010、2011年国家产业技术体系济宁玉米综合试验站、大豆综合试验站、甘薯综合试验站均被评为“优秀试验站”；三个国家级试验站分别于2010、2011和2012年被济宁市政府评为“济宁市十大优秀创新团队”。
